После Хидеёси, умершего в 1598 г., самым влиятельным человеком в Японии был Токугава Иэясу. Несмотря на обещание, он не пожелал уступить наследнику Хидеёси Хидеёри, потому что сам хотел стать абсолютным правителем Японии.
В 1600 г. в битве при Секигахаре он нанес поражение Хидеёри, и с тех пор приобрел почти безграничные власть и богатство. В 1603 г. приказом императора, Иэясу был назначен сёгуном, и обустроил свое правительство в Эдо (Токио). Сёгуны Токугава продолжали править Японией целых 250 лет.
Иэясу взял всю страну под строжайший контроль. Он мудро разделил завоеванные земли среди даймё: более верные вассалы, поддерживающие его еще до Секигахары, получили более стратегически важные области. Все даймё должны были каждый второй год проводить в Эдо, что означало большие финансовые траты для даймё и сдерживало его власть дома.
Продолжал Иэясу продвигать торговлю с иностранными государствами, установил отношения с Англией и Голландией. А с другой стороны, с 1614 г. начал преследование христиан.
После уничтожения в 1615 г. клана Тоётоми, когда Иэясу захватил замок Осака, у него практически не осталось соперников, так что в эпоху Эдо в Японии преимущественно царил мир. Таким образом, воинское сословие самураев обучались теперь не только боевым искусствам, но и литературе, философии и другим искусствам, например, чайной церемонии.
В 1633 г. сёгун Иемицу запретил путешествия заграницу и в 1639 г. почти полностью изолировал Японию, сведя общение с внешним миром лишь к очень ограниченной торговле с Китаем и Нидерландами через порт Нагасаки. К тому же, запрещены были все иностранные книги.
Несмотря на изоляции, внутренняя торговля и сельское хозяйство продолжали развиваться. Среди горожан приобретали популярность новые виды искусства, такие как укиё-э и кабуки.
В Японии эпохи Токугава, самым распространенным философским течением был неоконфуцианство, указывающее на важность морали, образования и иерархической структуры в государстве и обществе. В эпоху Эдо существовала строгая иерархическая система: на верху социальной лестницы стояли самураи, за ними следовали крестьяне, ремесленники и торговцы. Представителям классов запрещалось менять свой социальный статус. Пятый класс образовали изгои (эта), чьи профессии считались «нечистыми».
В 1720 г. был отменен запрет на западную литературу, и из Китая и Европы в Японию пришло несколько новых учений. Появилось также несколько националистских учений, объединивших элементы синтоизма и конфуцианства.
Хотя несколько веков правительство Токугава сохраняло стабильность, его влияние постепенно начало падать. Причин тут несколько. Ухудшившееся финансовое положение привело к увеличению налогов и бунтам среди крестьян. К тому же, Японию постоянно постигали стихийные бедствия, и годы голода также становились причиной восстаний и ухудшением финансового положения правительства. Социальная иерархия тоже грозила развалиться, так как сильное влияние приобрели торговцы, а многие самураи попали к ним в зависимость. Во второй половине эпохи коррупция, некомпетентность и аморальность правительственной верхушки стали причиной дальнейших проблем.
В конце 18 в. начали возрастать проблемы во внешней политике, когда Россия попыталась наладить торговые связи и потерпела поражение. За ней в 19 в. последовали и другие европейские страны, а также Америка. В 1854 г. правительство Токугава было вынуждено открыть некоторое число портов для международной торговли. Но торговля все равно оставалась ограниченной вплоть до Реставрации Мэйдзи в 1868 г.
Все это вызвало усиление антиправительственных настроений, и привело к появлению новых движений, например, за восстановление власти императора или антизападных, особенно среди ультраконсервативных самураев во все более независимых областях, таких, как Хосю или Сацума. Большинство, однако, быстро поняло преимущество использования достижений в науке и военном искусстве Запада. Это, наконец, поняли даже консерваторы после нескольких военных стычек с европейцами.
В 1867-68 гг. правительство Токугава пало, и было восстановлено правительство императора Мэйдзи.
